การตอบรับของเกมโดยทั่วไปเป็นลักษณะที่หลากหลาย ในขณะที่ได้รับการยกย่องในโหมดออนไลน์ นี่เป็นแนวความคิดที่แยกออกมาจากซูเปอร์สแมชบราเธอร์บรอวล์ เว็บไซต์ไอจีเอ็นได้ประเมินทีนเอจมิวแตนต์นินจาเทอร์เทิลส์: สแมชอัป นี้ไว้ที่ 7 คะแนนเต็ม 10 โดยกล่าวว่าเป็นเวอร์ชันโคลนนิงของสแมชบราเธอร์ แต่ก็ทำให้ผู้เล่นต้องการที่จะเล่นสแมชบราเธอร์แทน[4]เว็บไซต์เกมสปอทยังได้ให้เกมนี้อยู่ที่ 7 คะแนนเต็ม 10 โดยกล่าวว่ามีระบบการต่อสู้ที่ดีและมีเนื้อหาที่หนักแน่น แต่ขาดการปรับแต่งให้แพรวพราวให้สมกับชื่อเรื่อง[5] ส่วนผู้ที่ชื่นชอบการ์ตูนซีรีส์นี้ กลับมีปฏิกิริยาในเชิงลบต่อบัญชีรายการ ซึ่งมีขนาดเล็กกว่าอย่างน่าสังเกตเมื่อเทียบกับซูเปอร์สแมชบราเธอร์บรอวล์ และตารางเลือกตัวละครก็ปรากฏให้เห็นเฉพาะที่มีในซีรีส์การ์ตูน ค.ศ. 2003 เท่านั้น ในขณะที่ตัวละครจากซีรีส์ 1987 และในฉบับภาพยนตร์นั้นกลับถูกละเลย[6]